RSUD Kraton Kabupaten Pekalongan terletak di dalam Wilayah Kota Pekalongan bagian utara, namun status kepemiliknya adalah milik Pemerintah Daerah Kabupaten Pekalongan. Hal ini tidak terlepas dari sejarah yang melatar belakanginya.

Pada awal mulanya, Rumah Sakit Kraton dikelola oleh Pemerintah Kotamadya Pekalongan sejak bulan Juli 1954. Dan dalam perjalanan pengelolaan Rumah Sakit, Pemerintah Daerah Kotamadya Pekalongan mengalami hambatan. Sehingga pada akhirnya diputuskan bahwa pengelolaan RS Kraton diserahkan kepada Pemerintah Daerah Propinsi Tingkat I Jawa Tengah.

Kemudian pada tahun 1967 oleh Gubernur Kepala Daerah Propinsi Dati I Jawa Tengah, pengelolaan Rumah Sakit Kraton diserahkan kepada Pemerintah Daerah Tingkat II Kabupaten Pekalongan sampai saat ini. Dan pada tanggal 30 Januari 1995, RSUD Kabupaten Pekalongan dinaikkan kelasnya dari Rumah Sakit Pemerintah Kelas C menjadi kelas B Non Pendidikan.

Dengan Perda Kabupaten Daerah Tingkat II Pekalongan Nomor 5 Tahun 1995, RSU Kabupaten Pekalongan berubah menjadi Rumah Sakit Umum Daerah Unit Swadana Kabupaten Daerah Tingkat II Pekalongan.

Pada tahun 2003 ditetapkan dengan Perda No 11 Th 2002 perubahan pertama atas Perda Nomor 8 tahun 2000, RSUD Unit Swadana Kabupaten Daerah Tingkat II Pekalongan menjadi Badan Pengelola RSUD Kraton Kabupaten Pekalongan. Kemudian dengan Perda Kabupaten Pekalongan Nomor 15 Tahun 2008 BP RSUD Kraton Kabupaten Pekalongan berubah menjadi RSUD Kraton Kabupaten Pekalongan yang saat ini merupakan Rumah Sakit Kelas B Non Pendidikan.