Limbah cair diolah dengan menggunakan Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL). Proses pengolahan limbah cair diawali dari setiap ruangan yang ada di RSUD Kraton. Kemudian limbah diarahkan ke bak penampungn awal (Pumping Station). Lalu terjadi pemisahan antara limbah cair dengan sampah padat lain. Selanjutnya pemisahan antara air dengan lumpur. Kemudian pemberian kaporit untuk meminimalisir bakteri sebelum dialirkan pada saluran kota.